緊迫したシーンの連続となった最終話。第9話の最後では、いかにも山下演じる藍沢が瀕死の状態なのかと思わせておきながら、ふたを開ければ藤川がピンチという驚きの展開に、ネット上では藤川の安否を心配する声が。藍沢が藤川のもとにたどり着き処置をし始めるシーンには、「藍沢先生！　藤川先生を助けて!!」とファンは固唾をのんで見守っていたようだ。また、有岡演じる名取も、最後に自身が経営する病院へ「戻れ」と言う父親に対し、救命に残ると自分の意志を伝え、成長した姿を見せた。これにはファンも感慨深かったようで、「名取先生、本当成長したね」「お父さんにちゃんと言えてよかったね！」との反響があった。

　しかし一方で、主役である山下の活躍するところが、藤川を助けるシーンしかなかったことに納得がいってない山下ファンも多くいるよう。「山Pは主役でしょ？　なんで最終回も出番少ないの？」「脚本家変わって真面目な医療ドラマって感じもなくなり、さらには山Pの出番が全話通して少なくなった……悲しい」「山Pのことをこの脚本家は嫌いなの？　だったら『コード・ブルー』の脚本受けるな！」など、脚本に対する苦言が多数見受けられた。

　ドラマ終了後に2018年映画化が発表されたが、「シーズン3の脚本家を映画でも起用するのかな？　だとしたら最悪！」「前の脚本家に戻してほしい」「なんでシーズン1から見てるファンの意見を無視して、どうでもいい恋愛要素入れてくる脚本家使うの？　映画はもとの脚本家さんにしてくださいね。フジテレビ！」と今から映画の脚本に不安を感じているファンもいるようだ。
　
　果たして来年公開の映画は、シリーズ1や2から見ているファンの意見もくみ取った内容となるのか。シリーズ3は終わってしまったが、まだまだ『コード・ブルー』から目が離せない。